Combinar filas de un data frame según columna


Soy un principiante en el mundo de la programación y me encuentro con este problema: Tengo un data frame sobre pacientes y enfermedades y el objetivo es encontrar patrones que puedan predecir la enfermedad. Para poder utilizar arules entiendo que lo primero que tengo que hacer es organizar el data frame. Así, esta es la estructura (son 9700 pacientes y 35 diagnósticos diferentes):

Paciente     Patologia   1         Sarcopenia   1          Obesidad   2          Sarcopenia   2          Lupus   2          Dolor 

Quisiera agrupar todos los diagnósticos de cada paciente de tal manera que la estructura pasara a ser la siguiente:

Paciente       Patología  1              Sarcopenia, Obesidad  2              Sarcopenia, Lupus, Dolor 

De esta forma, más adelante podría crear una matriz de este tipo:

Paciente       Sarcopenia     Obesidad   Lupus     Dolor 1                1             1         0        0 2                1             0         1        1   

He probado el siguiente código y obtengo un mensaje de error que no comprendo.

Sarcopenia_PatientSymptoms %>% group_by(PatientID) %>% summarise_all(list(trimws(paste(., collapse = "")))) 

Error in get(.x, .env, mode = “function”) : nombres de variables se limitan a 10000 bytes

¿Alguien podría ayudarme?

Gracias de antemano